A los pies de Peña Amaya se encuentra Amaya, una pequeña localidad situada en los márgenes occidentales de la provincia de Burgos y junto a la lora de Peña Amaya, un macizo de 1.377 metros de altura. En la actualidad viven unos 30 habitantes que se dedican a la Agricultura y la Ganadería.
La primitiva ciudad de Amaya se situó sobre la lora de Peña Amaya. Consta la existencia de un asentamiento desde la Edad de Bronce. Ya en la Edad Antigua, Amaya es una de los más importantes castros de los Cántabros durante las Guerras Cántabras (29-19 a.C.). Una vez tomada por los romanos pasa a formar parte de la República primero, y más tarde del Imperio, en el que se mantiene hasta el siglo IV.
La ciudad recupera entonces su independencia, que dura hasta el año 574, en el que el Rey de los Visigodos, Leovigildo, toma y destruye la ciudad.
Se mantiene desde entonces en el Reino Visigodo, hasta que en el año 711 éste se desintegra tras perder la Batalla de Guadalete. Entonces son numerosos los refugiados que llegan a Amaya, que sufre el asedio de los ejércitos de Tariq que la conquista en el 712. Tras una rebelión en el 714, Tariq arrasa de nuevo la ciudad. Hay varios intentos de repoblar Amaya, aunque hasta el 860 durante el reinado de Ordoño I se repuebla de forma definitiva, siendo fortificada más adelante. En el año 989 las tropas de Hisham II cercan y toman la ciudad, siendo esta la última batalla librada bajo sus muros.
Desde el punto de vista geológico, Peña Amaya es un sinclinal colgado que forma parte del Geoparque Mundial de Las Loras (certificado por la UNESCO). Toda la región destaca por un paisaje único, como en el caso de Peña Amaya, que se eleva 500 metros sobre su entorno, por lo que desde su cima se puede completar gran parte de la meseta Castellana